Genome-sequencing-based benchmarking of antimicrobial resistance, treatment outcomes and healthcare transmission events for Clostridioides difficile infection in Australian hospitals

Annalise Unsworth*, Winkie Fong, Fanrong Kong, Qinning Wang, Jignasa Purani, Jen Kok, Sharon C.-A. Chen, Vitali Sintchenko
*New South Wales Health Pathology, Australia

Journal of Hospital Infection (2026) 176, 169-177

背景

クロストリジオイデス・ディフィシル（Clostridioides difficile）感染症（CDI）は、依然として、医療における感染予防・制御の優先事項の 1 つであり、特に高毒性株（hypervirulent strains）の出現と薬剤耐性（AMR）を伴い、医療における感染予防・管理の優先課題であり続けている。

目的

オーストラリアの三次病院における、培養で確定された CDI 症例のゲノム疫学とAMRの特徴を明らかにすること。

方法

2023 年から 2025年までに4 病院で診断された CDI 患者 142 例から分離されたC. difficile計155株を対象とした。収集データには患者の人口統計学的特性、感染の重症度、抗菌薬治療、8週間時点での臨床転帰が含まれた。バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、モキシフロキサシン、メロペネム、テトラサイクリンおよびリファキシミンに対する表現型感受性を寒天希釈法で決定した。分離株は、遺伝子型判定とレジストーム評価のため全ゲノムシークエンス（WGS）に供した。

結果

WGS により、異なる医療機関にまたがる CDI 分離株間で、39 の異なる配列型を識別した。全体で、100 株単一株、55  株（クラスタリング率 35％）が遺伝的に関係がある（一塩基多型の差が 2 以下）と判断された。このうち、院内で濃厚接触があった 12 患者（8.5％）が疫学的に関連した 6 つのクラスターを形成した。表現型感受性試験の結果は 134 株（86.4％）で得られた。バンコマイシン（90％阻止最小発育阻止濃度［MIC₉₀］1 mg/L（=μg/mL））、メトロニダゾール（MIC₉₀ 0.5 mg/L［=μg/mL］）、フィダキソマイシン（MIC₉₀ 0.5 mg/L［=μg/mL］）に対する表現型耐性は認められなかった。本研究コホートにおいて、耐性遺伝子の存在や表現型感受性の減少と CDI 再発との関連は認められなかった。

結論

C. difficile 分離株のゲノム解析では、アウトブレイクは同定されず、配列型や耐性遺伝子の存在と臨床転帰との関連も認められなかった。ゲノムシークエンスが提供する高解像度の特徴付けと薬剤耐性・CDI の臨床的再発・最近の伝播の同定は、病院感染対策にとって重要なベンチマークとなる可能性がある。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：
CDI はその大半が院内伝播によらない独立した発生であるが、培養株の WGS により疫学的関連の有無を一塩基多型差で客観的に判定できる。本研究のように菌株保存と全例 WGS をサーベイランスに組み込むことで、アウトブレイクの有無の判定、再燃・再感染の鑑別、薬剤感受性のベンチマーク取得を科学的に行うことができる可能性がある。日本の感染対策体制でも有用な手法の一つとなり得る可能性を示唆する報告と思われる。

Reducing Staphylococcus aureus bloodstream infections associated with peripheral intravenous cannulae: successful implementation of a care bundle at a large Australian health service

An in-use microbiological comparison of two surgical hand disinfection techniques in cardiothoracic surgery: hand rubbing versus hand scrubbing

Two-year analysis of Clostridium difficile ribotypes associated with increased severity

Indwelling urethral versus suprapubic catheters in nursing home residents: determining the safest option for long-term use

Pandemic influenza A (H1N1) 2009 in a critical care and theatre setting: beliefs and attitudes towards staff vaccination