Longitudinal phylogenomic tracking of methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones persisting over years in a neonatal intensive care unit

Tatsuya Miyata*, Yasuhiro Gotoh, Yoshitomo Motomura, Yasushi Kibe, Masayuki Ochiai, Hirosuke Inoue, Kenichiro Yamamura, Yasunari Sakai, Tetsuya Hayashi, Shouichi Ohga
*Kyushu University, Japan

Journal of Hospital Infection (2026) 175, 258-267

序論

メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus；MRSA）に対する感染制御対策は、高リスクの新生児にケアを提供する高度な新生児集中治療室（NICU）における課題である。より良い感染制御策を計画し実行するには、繰り返し検出される流行中の MRSA クローンを特定し、それらが NICU でどうやって生き延び伝播しているかを理解する必要がある。

方法

日本の福岡にある九州大学病院のレベル II ～ IV の NICU で 2015 年 3 月から 2021 年 12 月までに分離されたすべての MRSA 株の全ゲノムシークエンシング（WGS）を実施した。コアゲノム複数部位塩基配列タイピング（cgMLST）で対にしたときの対立遺伝子距離が 250 以内の株を cgMLST250 クラスターとしてまとめた。それを、コアゲノムに基づく系統発生解析で対にしたときの一塩基多型（SNP）距離が 30 以内のサブクラスターに更に分割した（SNP₃₀ クラスター）。SNP₃₀ クラスターは、12 か月に亘って 5 例以上の患者で検出されたときに、持続的に存在していると定義した。

結果

226 例の患者からの合計で 235 株を解析した。3 つの主要なクローン複合体（CC1、CC5、CC8）が、株の 91.2％を占めていた。多段階のゲノム系統学的解析では、持続的と推定されるクローンが、SNP30 クラスター化により、8 つ検出された。そのうち 5 つは10 ～ 32株の分離株を含んでいた。これら 5 つのクローンは15 ～ 40か月間分離された。患者の入院期間が重なっていないことも多く、数例では、分離の間隔が 1 年を超えていた。

結論

まだ確認されていない長期および／または多数のリザーバーや、MRSA の NICU への何回もの／繰り返す再導入が、伝播可能な MRSA クローンが NICU において長期的に検出されることの一因となっている可能性がある。これらのリザーバーや再導入を徹底的に制御することは、特に高度な NICU においては必須であるかもしれない。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：
特になし

Healthcare-associated infection among residents of long-term care facilities: a cohort and nested case窶田ontrol study

Circulation of a community healthcare-associated multiply-resistant meticillin-resistant Staphylococcus aureus lineage in South Yorkshire identified by whole genome sequencing

Deposits on the intraluminal surface and bacterial growth in central venous catheters

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Presence of biofilm containing viable multiresistant organisms despite terminal cleaning on clinical surfaces in an intensive care unit