Defining a genomic threshold for investigating Pseudomonas aeruginosa hospital outbreak

S. Romano-Bertrand*, M. Virieux-Petit, F. Mauffrey, L. Senn, D.S. Blanc
*Montpellier University, France

Journal of Hospital Infection (2025) 161, 119-129

背景

緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）アウトブレイクの調査を行う場合、分子タイピング法によって分離株のクローン性を確認する必要がある。全ゲノムシークエンシング（WGS）は細菌のゲノムタイピングを行うための新たなゴールドスタンダードであるが、同一の伝播鎖の一部としての分離株の検討における結果の解釈には注意が必要である。

目的

アウトブレイクの空間的時間的スケールを考慮しながら最近の伝播イベントを同定するためのゲノム閾値を決定すること。

方法

当院で過去 15 年間に発生した緑膿菌アウトブレイクについて、コアゲノム MLST および一塩基多型（SNP）解析の両方により、疫学データを考慮しながら後向きに解析した。本解析の結果を、緑膿菌の院内アウトブレイクを調査するために WGS を利用したこれまでの文献に照らして考察した。

結果

当院における緑膿菌アウトブレイクに関する調査 14 件（アウトブレイクの期間は数日間から 9 年間）を対象とした。同一の伝播経路に属する分離株には最大で、13 の遺伝子座の差および 25 の SNP が認められた。これらの結果は、発表されているアウトブレイク調査 19 件と一致していた。これらの調査のほとんどは、疫学的に関係する分離株には 15 ～ 25 以下の SNP が認められるという類似性を報告していた。適格な SNP または遺伝子座の差について閾値に及ぼす時間および空間の影響は、以下のような他の因子によってマスクされていた可能性がある：遺伝子型、WGS 解析の対象とされた分離株数、伝播経路、および環境リザーバの存在など。

結論

本研究では、伝播動態およびアウトブレイク源を正確に評価するためには、特に環境リザーバや遺伝子変異の多い hypermutatorが関係している場合、ゲノム閾値を疫学データに組み込む必要性が示された。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント ：

特になし

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*Metro North Hospital and Health Service, Australia

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*Pharmacy, Higher Colleges of Technology, United Arab Emirates

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*Centro de Salud Canillejas, Spain

Journal of Hospital Infection (2024) 149, 56-64