Whole-genome sequencing to investigate transmission of SARS-CoV-2 in the acute healthcare setting: a systematic review

D. Hare*, K.M. Dembicka, C. Brennan, C. Campbell, U. Sutton-Fitzpatrick, P.J. Stapleton, C.F. De Gascun, C.P. Dunne
*University College Dublin, Ireland

Journal of Hospital Infection (2023) 140, 139-155

背景

全ゲノムシークエンシング（WGS）は、急性期医療環境での SARS-CoV-2 伝播を明らかにし、感染予防・制御（IPC）対応の指針を得るために広く用いられている。

目的

2020年 1月 1日から 2022年 6月 30日までに公表された、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の院内伝播を明らかにするための WGS 実施を報告した、入手可能な文献を系統的に評価した。

方法

PubMed、Embase、Ovid MEDLINE、EBSCO MEDLINE および Cochrane Library のデータベースを検索し、急性期医療環境における SARS-CoV-2 伝播を調査するための WGS の使用について英語で報告した研究を特定した。文献には 2021 年 12 月 31 日までに収集されたデータが含まれ、結果は PRISMA（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses）声明に従って報告された。

結果

全体で、重複のない 3,088 件の記録が検索された。97 件が組み入れ基準を満たし、うち 62件がアウトブレイク解析、35 件がゲノム調査研究であった。低所得国から公表された文献は特定されなかった。97 件中 87 件（90％）において、WGS により院内伝播の仮説が支持された一方、97件中 46 件（47％）では疑われた伝播事象が除外された。97 件中 18 件（18％）では、IPC 介入が WGS の使用によるものとみなされた。しかし、所要時間が 7 日以内でほぼリアルタイムの IPC 行動が促されたことを報告した研究は 3 件（3％）のみであり、WGS に起因する院内 COVID-19 発症率への影響を報告した研究はなかった。

結論

WGS により、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の伝播が明らかになり、疫学的調査が促進される可能性がある。しかし、院内の SARS-CoV-2 感染率を低下させる、または活発なアウトブレイクの経過を変化させる介入としてシークエンシングを支持するエビデンスは発見されなかった。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：

よりリアルタイムに近い形でゲノムシークエンシングの解析ができると、新しい知見が得られるかもしれない。

Are medical procedures that induce coughing or involve respiratory suctioning associated with increased generation of aerosols and risk of SARS-CoV-2 infection? A rapid systematic review

J. Wilson*, G. Carson, S. Fitzgerald, M.J. Llewelyn, D. Jenkins, S. Parker, A. Boies, J. Thomas, K. Sutcliffe, A.J. Sowden, A. O’Mara-Eves, C. Stansfield, E. Harriss, J. Reilly, members of the Independent High Risk AGP Review Panel
*University of West London, UK

Journal of Hospital Infection (2021) 116, 37-46

Seasonality and community interventions in a mathematical model of Clostridium difficile transmission

A systematic review of antimicrobial stewardship interventions implemented in intensive care units

O.K. Ntim*, B. Opoku-Asare, E.S. Donkor
*University of Ghana Medical School, Ghana

Journal of Hospital Infection (2025) 162, 272-283

Characterization of a nosocomial outbreak caused by VIM-1 Klebsiella michiganensis using Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy

D. Rodriguez-Temporal*, M. Sánchez-Cueto, S. Buenestado-Serrano, M. Blázquez-Sánchez, E. Cercenado, M. Gutiérrez-Pareja, A. Molero-Salinas, E. López-Camacho, P. Muñoz, D. García de Viedma, L. Pérez-Lago, B. Rodríguez-Sánchez
*Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Spain

Journal of Hospital Infection (2025) 162, 9-16

Benefits of a 14-year surgical site infections active surveillance programme in a French teaching hospital

C. Bataille*, A.-G. Venier, F. Caire, H. Salle, A. Le Guyader, F. Pesteil, R. Chauvet, P.-S. Marcheix, D. Valleix, L. Fourcade, K. Aubry, J. Brie, P.-Y. Robert, M. Pefau, M.-C. Ploy, N. D’Hollander-Pestourie, E. Couve-Deacon
*CHU Limoges, France

Journal of Hospital Infection (2021) 117, 65-73