Whole-genome sequencing as standard practice for the analysis of clonality in outbreaks of meticillin-resistant Staphylococcus aureus in a paediatric setting

E. Ugolotti^*, P. Larghero, I. Vanni, R. Bandettini, G. Tripodi, G. Melioli, E. Di Marco, A. Raso, R. Biassoni
^*Istituto Giannina Gaslini, Italy
Journal of Hospital Infection (2016) 93, 375-381
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（meticillin-resistant Staphylococcus aureus；MRSA）は、病院関連感染症の主要原因の1つである。本研究では、小児科入院患児で発生した過去のアウトブレイクに関連した MRSA 株を再検討することにより、サーベイランス目的での全ゲノムシークエンシングの使用の可能性を検討した。全ゲノムシークエンシングデータにより、以前に Sanger シークエンシングおよびパルスフィールド・ゲル電気泳動で得られた遺伝子配列プロファイルが改善され、アウトブレイクの関連株と非関連株が識別された。これにより、株のクローン性を、以前に達成されたよりも高いレベルの解像度で確定できた。本研究により、全ゲノムシークエンシングを用いて病院アウトブレイクを追跡できる可能性が示され、これにより全ゲノムシークエンシングがアウトブレイク調査における標準法となる可能性がある。
サマリー原文（英語）はこちら
監訳者コメント：
全ゲノムシークエンシングにより、より細かな遺伝子変異も検出することができるようになる。しかし細菌は一定の確率で突然変異を繰り返すため、特にアウトブレイク調査の時に「同一の株かどうか」を判定する基準はまだ確立していない。全ゲノムシークエンシングにより、菌の様々な毒性因子なども同時に分かるなどの利点は多いが、その結果を感染対策にどのように活用するかについては、より慎重な議論が必要だろう。

Molecular epidemiology of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa in a French university hospital

Incidence, associated disease burden and healthcare utilization due to Staphylococcus aureus prosthetic joint infection in European hospitals: the COMBACTE-NET ARTHR-IS multi-centre study

R. Espíndola*, V. Vella, N. Benito, I. Mur, S. Tedeschi, E. Zamparini, J.G.E. Hendriks, L. Sorlí, O. Murillo, L. Soldevila, M. Scarborough, C. Scarborough, J. Kluytmans, M.C. Ferrari, M.W. Pletz, I. McNamara, R. Escudero-Sanchez, C. Arvieux, C. Batailler, F.-A. Dauchy, W.-Y. Liu, J. Lora-Tamayo, J. Praena, A. Ustianowski, E. Cinconze, M. Pellegrini, F. Bagnoli, J. Rodríguez-Baño, M.-D. del-Toro-López, the ARTHR-IS Group
*Hospital Universitario Virgen Macarena, Spain

Journal of Hospital Infection (2023) 142, 9-17

Efficacy of sodium hypochlorite against multidrug-resistant Gram-negative bacteria

Duodenoscopy: an amplifier of cross-transmission during a carbapenemase-producing Enterobacteriaceae outbreak in a gastroenterology pathway

Intensive care unit environmental surfaces are contaminated by multidrug-resistant bacteria in biofilms: combined results of conventional culture, pyrosequencing, scanning electron microscopy, and confocal laser microscopy