Assessing cross-transmission of Gram-negative bacteria in the intensive care unit: a prospective comparison of IR-Biotyper and core-genome multi-locus sequence typing

A. Villa*, M. Danjean, C. Sakr, F. Cizeau, D. Ducellier, M. N’Debi, A. Mekontso-Dessap, K. Razazi, J-W. Decousser
*Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, France

Journal of Hospital Infection (2026) 170, 92-99

背景

医療関連感染症は集中治療室（ICU）における重要な懸念であり、ICU では伝播クラスターの早期検出が極めて重要である。全ゲノムシークエンシングは、依然としてアウトブレイク調査の標準的方法であるが、費用と解析時間がかかるために限界がある。IR Biotyper（IRBT）は、迅速な表現型クラスタリングを提供するが、そのコアゲノムレベルの性能は依然として十分な評価が行われていない。

目的

本研究では、IRBT について、ICU における臨床的に重要なグラム陰性菌の交差伝播を検出する上でのコアゲノムレベルの解析性能を評価した。

方法

本前向き単一施設研究で、36 床のICU において 7 か月間にわたり回収された緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）、肺炎桿菌（Klebsiella pneumoniae）、大腸菌（Escherichia coli）、エンテロバクター・クロアカエ（Enterobacter cloacae）複合体（ECCO）、およびステノトロホモナス・マルトフィリア（Stenotrophomonas maltophilia）のすべての臨床、スクリーニング、および環境分離株について解析した。伝播クラスターを、コアゲノム複数部位塩基配列タイピング（cgMLST）を用いて評価した。IRBT のスペクトル距離を、cgMLST で得られたアレル距離と比較した。診断能の指標を、メーカーが推奨する閾値（ブルカー社）と自動化 IRBT 閾値の両方を用いて算出した。

結果

患者 135 例から得られた分離株 283 株において、cgMLST により伝播クラスター 23 件が同定された。ブルカー社の閾値を用いると、IRBT ではすべての菌種について、菌種ごとの高い特異度（範囲：0.91 ～ 0.99）および陰性的中率（NPV ≧ 0.94）が達成された。ECCO についてはほぼ完璧な検出能が示された一方（感度：0.94、特異度：0.99 および NPV：0.998）、肺炎桿菌および大腸菌では強い一致度が示された（感度：0.81 以上）。緑膿菌（0.77）および S. maltophilia（0.70）に対する感度は低かった。自動化閾値では特異度および陽性的中率が改善したが、感度は低かった。受信者動作特性（ROC）曲線により高い識別能が確認された（曲線化面積：0.899 ～ 0.999）。

結論

IRBT は、ICU のグラム陰性菌の伝播クラスターサーベイランスにおいて、迅速で、種特異的な表現型クラスタリングを提供する。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント ：

ICU（集中治療室）におけるグラム陰性菌の院内伝播をリアルタイムで検出するため、FTIR分光法を用いた迅速タイピング装置「IR Biotyper（IRBT）」の性能を、全ゲノム解析に基づく cgMLST と前向きに比較したものである。IRBT は高い特異度と陰性適中率の結果から、「伝播なし」を迅速に除外するファーストライン・スクリーニングツールとして有用であり、陽性例については cgMLST や WGS による確認が必要な二段階戦略が提案されている。

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J.M.B.M. van der Vossen*, A. Fawzy, A.M.T. Ouwens, J.P.C.M. van Doornmalen, M. de Samber, R. Driessens, M. Heerikhuisen, R.C. Montijn
*The Netherlands Organisation for Applied Scientific Research TNO, the Netherlands

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*Nantes University Hospital, France

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*Sciensano, Belgium

Journal of Hospital Infection (2026) 171, 154-163