Whole-genome sequencing to investigate transmission of SARS-CoV-2 in the acute healthcare setting: a systematic review

D. Hare*, K.M. Dembicka, C. Brennan, C. Campbell, U. Sutton-Fitzpatrick, P.J. Stapleton, C.F. De Gascun, C.P. Dunne
*University College Dublin, Ireland

Journal of Hospital Infection (2023) 140, 139-155

背景

全ゲノムシークエンシング（WGS）は、急性期医療環境での SARS-CoV-2 伝播を明らかにし、感染予防・制御（IPC）対応の指針を得るために広く用いられている。

目的

2020年 1月 1日から 2022年 6月 30日までに公表された、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の院内伝播を明らかにするための WGS 実施を報告した、入手可能な文献を系統的に評価した。

方法

PubMed、Embase、Ovid MEDLINE、EBSCO MEDLINE および Cochrane Library のデータベースを検索し、急性期医療環境における SARS-CoV-2 伝播を調査するための WGS の使用について英語で報告した研究を特定した。文献には 2021 年 12 月 31 日までに収集されたデータが含まれ、結果は PRISMA（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses）声明に従って報告された。

結果

全体で、重複のない 3,088 件の記録が検索された。97 件が組み入れ基準を満たし、うち 62件がアウトブレイク解析、35 件がゲノム調査研究であった。低所得国から公表された文献は特定されなかった。97 件中 87 件（90％）において、WGS により院内伝播の仮説が支持された一方、97件中 46 件（47％）では疑われた伝播事象が除外された。97 件中 18 件（18％）では、IPC 介入が WGS の使用によるものとみなされた。しかし、所要時間が 7 日以内でほぼリアルタイムの IPC 行動が促されたことを報告した研究は 3 件（3％）のみであり、WGS に起因する院内 COVID-19 発症率への影響を報告した研究はなかった。

結論

WGS により、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の伝播が明らかになり、疫学的調査が促進される可能性がある。しかし、院内の SARS-CoV-2 感染率を低下させる、または活発なアウトブレイクの経過を変化させる介入としてシークエンシングを支持するエビデンスは発見されなかった。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：

よりリアルタイムに近い形でゲノムシークエンシングの解析ができると、新しい知見が得られるかもしれない。

Advances in electronic surveillance for healthcare-associated infections in the 21st Century: a systematic review

Targeted rapid testing for SARS-CoV-2 in the emergency department is associated with large reductions in uninfected patient exposure time

J.S. Hinson*, R.E. Rothman, K. Carroll, H.H. Mostafa, K. Ghobadi, A. Smith, D. Martinez, K. Shaw-Saliba, E. Klein, S. Levin

*Johns Hopkins University School of Medicine, USA

Journal of Hospital Infection (2021) 107, 35-39

Risk factors for infection in patients undergoing knee arthroscopy: a systematic review and meta-analysis

Y. Lei*, Y. Zeng, Z. Li, Z. Xiao, G. Tang, Y. Liu, C. Xiao, M. Luo, H. Yan, H. Chen, X. Wang
*University of South China, China

Journal of Hospital Infection (2025) 155, 170-184

Pathogenesis of Staphylococcus epidermidis in prosthetic joint infections: can identification of virulence genes differentiate between infecting and commensal strains?

A. Sánchez*, N. Benito, A. Rivera, L. García, E. Miró, I. Mur, Y. González, C. Gutiérrez, J.P. Horcajada, P. Espinal, F. Navarro
*Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Spain

Journal of Hospital Infection (2020) 105, 561-568
 

Regional variation in the interpretation of contact precautions for multi-drug-resistant Gram-negative bacteria: a cross-sectional survey

A. van Veen*, I. de Goeij, M. Damen, E.G.W. Huijskens, S. Paltansing, M. van Rijn, R.G. Bentvelsen, J. Veenemans, M. van der Linden, M.C. Vos, J.A. Severin, on behalf of the Infection Prevention and Antimicrobial Resistance Care Network South-western Netherlands
*Erasmus MC University Medical Centre, The Netherlands

Journal of Hospital Infection (2024) 152, 1-12