Whole-genome sequencing to investigate transmission of SARS-CoV-2 in the acute healthcare setting: a systematic review

D. Hare*, K.M. Dembicka, C. Brennan, C. Campbell, U. Sutton-Fitzpatrick, P.J. Stapleton, C.F. De Gascun, C.P. Dunne
*University College Dublin, Ireland

Journal of Hospital Infection (2023) 140, 139-155

背景

全ゲノムシークエンシング（WGS）は、急性期医療環境での SARS-CoV-2 伝播を明らかにし、感染予防・制御（IPC）対応の指針を得るために広く用いられている。

目的

2020年 1月 1日から 2022年 6月 30日までに公表された、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の院内伝播を明らかにするための WGS 実施を報告した、入手可能な文献を系統的に評価した。

方法

PubMed、Embase、Ovid MEDLINE、EBSCO MEDLINE および Cochrane Library のデータベースを検索し、急性期医療環境における SARS-CoV-2 伝播を調査するための WGS の使用について英語で報告した研究を特定した。文献には 2021 年 12 月 31 日までに収集されたデータが含まれ、結果は PRISMA（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses）声明に従って報告された。

結果

全体で、重複のない 3,088 件の記録が検索された。97 件が組み入れ基準を満たし、うち 62件がアウトブレイク解析、35 件がゲノム調査研究であった。低所得国から公表された文献は特定されなかった。97 件中 87 件（90％）において、WGS により院内伝播の仮説が支持された一方、97件中 46 件（47％）では疑われた伝播事象が除外された。97 件中 18 件（18％）では、IPC 介入が WGS の使用によるものとみなされた。しかし、所要時間が 7 日以内でほぼリアルタイムの IPC 行動が促されたことを報告した研究は 3 件（3％）のみであり、WGS に起因する院内 COVID-19 発症率への影響を報告した研究はなかった。

結論

WGS により、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の伝播が明らかになり、疫学的調査が促進される可能性がある。しかし、院内の SARS-CoV-2 感染率を低下させる、または活発なアウトブレイクの経過を変化させる介入としてシークエンシングを支持するエビデンスは発見されなかった。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：

よりリアルタイムに近い形でゲノムシークエンシングの解析ができると、新しい知見が得られるかもしれない。

Nosocomial infection by Klebsiella pneumoniae among neonates: a molecular epidemiological study

K. Luo^*, J. Tang, Y. Qu, X. Yang, L. Zhang, Z. Chen, L. Kuang, M. Su, D. Mu
^*Sichuan University, West China Second Hospital, China

Journal of Hospital Infection (2021) 108, 174-180

Whole-genome sequencing in the investigation of recurrent invasive group A streptococcus outbreaks in a maternity unit

Evaluating the cost implications of integrating SARS-CoV-2 genome sequencing for infection prevention and control investigation of nosocomial transmission within hospitals

M. Panca*, J. Blackstone, O. Stirrup, M.-T. Cutino-Moguel, E. Thomson, C. Peters, L.B. Snell, G. Nebbia, A. Holmes, A. Chawla, N. Machin, Y. Taha, T. Mahungu, T. Saluja, T.I. de Silva, K. Saeed, C. Pope, G.Y. Shin, R. Williams, A. Darby, D.L. Smith, M. Loose, S.C. Robson, K. Laing, D.G. Partridge, J.R. Price, J. Breuer
*Institute of Clinical Trials and Methodology, UCL, UK

Journal of Hospital Infection (2023) 139, 23-32

Incidence, associated disease burden and healthcare utilization due to Staphylococcus aureus prosthetic joint infection in European hospitals: the COMBACTE-NET ARTHR-IS multi-centre study

R. Espíndola*, V. Vella, N. Benito, I. Mur, S. Tedeschi, E. Zamparini, J.G.E. Hendriks, L. Sorlí, O. Murillo, L. Soldevila, M. Scarborough, C. Scarborough, J. Kluytmans, M.C. Ferrari, M.W. Pletz, I. McNamara, R. Escudero-Sanchez, C. Arvieux, C. Batailler, F.-A. Dauchy, W.-Y. Liu, J. Lora-Tamayo, J. Praena, A. Ustianowski, E. Cinconze, M. Pellegrini, F. Bagnoli, J. Rodríguez-Baño, M.-D. del-Toro-López, the ARTHR-IS Group
*Hospital Universitario Virgen Macarena, Spain

Journal of Hospital Infection (2023) 142, 9-17

Sequence type 72 community-associated meticillin-resistant Staphylococcus aureus emerged as a predominant clone of nasal colonization in newly admitted patients