Whole-genome sequencing to investigate transmission of SARS-CoV-2 in the acute healthcare setting: a systematic review

D. Hare*, K.M. Dembicka, C. Brennan, C. Campbell, U. Sutton-Fitzpatrick, P.J. Stapleton, C.F. De Gascun, C.P. Dunne
*University College Dublin, Ireland

Journal of Hospital Infection (2023) 140, 139-155

背景

全ゲノムシークエンシング（WGS）は、急性期医療環境での SARS-CoV-2 伝播を明らかにし、感染予防・制御（IPC）対応の指針を得るために広く用いられている。

目的

2020年 1月 1日から 2022年 6月 30日までに公表された、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の院内伝播を明らかにするための WGS 実施を報告した、入手可能な文献を系統的に評価した。

方法

PubMed、Embase、Ovid MEDLINE、EBSCO MEDLINE および Cochrane Library のデータベースを検索し、急性期医療環境における SARS-CoV-2 伝播を調査するための WGS の使用について英語で報告した研究を特定した。文献には 2021 年 12 月 31 日までに収集されたデータが含まれ、結果は PRISMA（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses）声明に従って報告された。

結果

全体で、重複のない 3,088 件の記録が検索された。97 件が組み入れ基準を満たし、うち 62件がアウトブレイク解析、35 件がゲノム調査研究であった。低所得国から公表された文献は特定されなかった。97 件中 87 件（90％）において、WGS により院内伝播の仮説が支持された一方、97件中 46 件（47％）では疑われた伝播事象が除外された。97 件中 18 件（18％）では、IPC 介入が WGS の使用によるものとみなされた。しかし、所要時間が 7 日以内でほぼリアルタイムの IPC 行動が促されたことを報告した研究は 3 件（3％）のみであり、WGS に起因する院内 COVID-19 発症率への影響を報告した研究はなかった。

結論

WGS により、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の伝播が明らかになり、疫学的調査が促進される可能性がある。しかし、院内の SARS-CoV-2 感染率を低下させる、または活発なアウトブレイクの経過を変化させる介入としてシークエンシングを支持するエビデンスは発見されなかった。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：

よりリアルタイムに近い形でゲノムシークエンシングの解析ができると、新しい知見が得られるかもしれない。

Healthcare-associated COVID-19 outbreaks: a nationwide population-based cohort study

H-H. Wu*, C-H. Su, L-J. Chien, S-H. Tseng, S-C. Chang
*Taiwan Centers for Disease Control, Taiwan

Journal of Hospital Infection (2022) 124, 29-36

Surgical site infection after central venous catheter-related infection in cardiac surgery. Analysis of a cohort of 7557 patients

Phenotypic and genotypic characterization of antibiotic resistance in military hospital-associated bacteria from war injuries in the Eastern Ukraine conflict between 2014 and 2020

V. Kondratiuk*, B.T. Jones, V. Kovalchuk, I. Kovalenko, V. Ganiuk, O. Kondratiuk, A. Frantsishko

*National Pirogov Memorial Medical University, Ukraine

Journal of Hospital Infection (2021) 112, 69-76

Whole-genome sequencing links cases dispersed in time, place, and person while supporting healthcare worker management in an outbreak of Panton–Valentine leucocidin meticillin-resistant Staphylococcus aureus; and a review of literature

R. Mehra*, M. Meda, B. Pichon, V. Gentry, A. Smith, M. Nicholls, Y. Ryan, J. Woods, S. Tote
*Frimley Health NHS Foundation Trust, UK

Journal of Hospital Infection (2023) 141, 88-98

Predictors of potentially suboptimal treatment of urinary tract infections in long-term care facilities

H.J. Appaneal*, A.R. Caffrey, V.V. Lopes, V. Mor, D.M. Dosa, K.L. LaPlante, T.I. Shireman

*Providence Veterans Affairs Medical Center, Providence, RI, USA

Journal of Hospital Infection (2021) 110, 114-121