Whole-genome sequencing to investigate transmission of SARS-CoV-2 in the acute healthcare setting: a systematic review

D. Hare*, K.M. Dembicka, C. Brennan, C. Campbell, U. Sutton-Fitzpatrick, P.J. Stapleton, C.F. De Gascun, C.P. Dunne
*University College Dublin, Ireland

Journal of Hospital Infection (2023) 140, 139-155

背景

全ゲノムシークエンシング（WGS）は、急性期医療環境での SARS-CoV-2 伝播を明らかにし、感染予防・制御（IPC）対応の指針を得るために広く用いられている。

目的

2020年 1月 1日から 2022年 6月 30日までに公表された、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の院内伝播を明らかにするための WGS 実施を報告した、入手可能な文献を系統的に評価した。

方法

PubMed、Embase、Ovid MEDLINE、EBSCO MEDLINE および Cochrane Library のデータベースを検索し、急性期医療環境における SARS-CoV-2 伝播を調査するための WGS の使用について英語で報告した研究を特定した。文献には 2021 年 12 月 31 日までに収集されたデータが含まれ、結果は PRISMA（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses）声明に従って報告された。

結果

全体で、重複のない 3,088 件の記録が検索された。97 件が組み入れ基準を満たし、うち 62件がアウトブレイク解析、35 件がゲノム調査研究であった。低所得国から公表された文献は特定されなかった。97 件中 87 件（90％）において、WGS により院内伝播の仮説が支持された一方、97件中 46 件（47％）では疑われた伝播事象が除外された。97 件中 18 件（18％）では、IPC 介入が WGS の使用によるものとみなされた。しかし、所要時間が 7 日以内でほぼリアルタイムの IPC 行動が促されたことを報告した研究は 3 件（3％）のみであり、WGS に起因する院内 COVID-19 発症率への影響を報告した研究はなかった。

結論

WGS により、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の伝播が明らかになり、疫学的調査が促進される可能性がある。しかし、院内の SARS-CoV-2 感染率を低下させる、または活発なアウトブレイクの経過を変化させる介入としてシークエンシングを支持するエビデンスは発見されなかった。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：

よりリアルタイムに近い形でゲノムシークエンシングの解析ができると、新しい知見が得られるかもしれない。

A Bayesian spatiotemporal model for prevalence estimation of a VRE outbreak in a tertiary care hospital

A. Atkinson*, B. Ellenberger, V. Piezzi, T. Kaspar, O. Endrich, A.B. Leichtle, M. Zwahlen, J. Marschall
*University of Bern, Switzerland

Journal of Hospital Infection (2022) 122, 108-114

Architectural interventions to mitigate the spread of SARS-CoV-2 in emergency departments

G. Hernandez-Mejia*, S. Scheithauer, S. Blaschke, N. Kucheryava, K. Schwarz, J. Moellmann, D.V. Tomori, A. Bartz, V.K. Jaeger, B. Lange, A. Kuhlmann, J. Holzhausen, A. Karch
*University of Münster, Germany

Journal of Hospital Infection (2024) 151, 1-10

Efficacy and safety of disinfectants for decontamination of N95 and SN95 filtering facepiece respirators: a systematic review
K. O’Hearn^*, S. Gertsman, R. Webster, A. Tsampalieros, R. Ng, J. Gibson, M. Sampson, L. Sikora, J.D. McNally
^*Children’s Hospital of Eastern Ontario Research Institute, Canada
Journal of Hospital Infection (2020) 106, 504-521

Systematic review and meta-analysis of the effectiveness of antiseptic agents for meatal cleaning in the prevention of catheter-associated urinary tract infections

Application of the forensic Luminol for blood in infection control