Whole-genome sequencing to investigate transmission of SARS-CoV-2 in the acute healthcare setting: a systematic review

D. Hare*, K.M. Dembicka, C. Brennan, C. Campbell, U. Sutton-Fitzpatrick, P.J. Stapleton, C.F. De Gascun, C.P. Dunne
*University College Dublin, Ireland

Journal of Hospital Infection (2023) 140, 139-155

背景

全ゲノムシークエンシング（WGS）は、急性期医療環境での SARS-CoV-2 伝播を明らかにし、感染予防・制御（IPC）対応の指針を得るために広く用いられている。

目的

2020年 1月 1日から 2022年 6月 30日までに公表された、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の院内伝播を明らかにするための WGS 実施を報告した、入手可能な文献を系統的に評価した。

方法

PubMed、Embase、Ovid MEDLINE、EBSCO MEDLINE および Cochrane Library のデータベースを検索し、急性期医療環境における SARS-CoV-2 伝播を調査するための WGS の使用について英語で報告した研究を特定した。文献には 2021 年 12 月 31 日までに収集されたデータが含まれ、結果は PRISMA（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses）声明に従って報告された。

結果

全体で、重複のない 3,088 件の記録が検索された。97 件が組み入れ基準を満たし、うち 62件がアウトブレイク解析、35 件がゲノム調査研究であった。低所得国から公表された文献は特定されなかった。97 件中 87 件（90％）において、WGS により院内伝播の仮説が支持された一方、97件中 46 件（47％）では疑われた伝播事象が除外された。97 件中 18 件（18％）では、IPC 介入が WGS の使用によるものとみなされた。しかし、所要時間が 7 日以内でほぼリアルタイムの IPC 行動が促されたことを報告した研究は 3 件（3％）のみであり、WGS に起因する院内 COVID-19 発症率への影響を報告した研究はなかった。

結論

WGS により、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の伝播が明らかになり、疫学的調査が促進される可能性がある。しかし、院内の SARS-CoV-2 感染率を低下させる、または活発なアウトブレイクの経過を変化させる介入としてシークエンシングを支持するエビデンスは発見されなかった。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：

よりリアルタイムに近い形でゲノムシークエンシングの解析ができると、新しい知見が得られるかもしれない。

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S.M. Wingen-Heimann*, A. Ullah, M.R. Cruz Aguilar, S.K. Gräfe, J. Conrad, K. Giesbrecht, K.-P. Hunfeld, C. Lübbert, S. Pützfeld, P.A. Reuken, M. Schmitz-Rode, E. Schalk, T. Schmidt-Wilcke, S. Schmiedel, P. Solbach, M.J.G.T. Vehreschild
*Medical Faculty and University Hospital Cologne, University of Cologne, Germany

Journal of Hospital Infection (2025) 160, 19-25

The influence of hospital antimicrobial use on carbapenem-non-susceptible Enterobacterales incidence rates according to their mechanism of resistance: a time-series analysis
E. Ortiz-Brizuela^*, Y. Caro-Vega, M. Bobadilla-del-Valle, F. Leal-Vega, E. Criollo-Mora, B.A. López Luis, V. Esteban-Kenel, E. Torres-Veintimilla, A. Galindo-Fraga, A. Olivas-Martínez, E. Tovar-Calderón, P. Torres- González, J. Sifuentes-Osornio, A. Ponce-de-León
^*Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, Mexico
Journal of Hospital Infection (2020) 105, 757-765

Educational intervention to improve infection prevention and control practices in four companion animal clinics in Switzerland

K. Dassler*, K. Zurfluh, R. Stephan, B. Willi
*University of Zurich, Switzerland

Journal of Hospital Infection (2023) 139, 121-133