Whole-genome sequencing to investigate transmission of SARS-CoV-2 in the acute healthcare setting: a systematic review

D. Hare*, K.M. Dembicka, C. Brennan, C. Campbell, U. Sutton-Fitzpatrick, P.J. Stapleton, C.F. De Gascun, C.P. Dunne
*University College Dublin, Ireland

Journal of Hospital Infection (2023) 140, 139-155

背景

全ゲノムシークエンシング（WGS）は、急性期医療環境での SARS-CoV-2 伝播を明らかにし、感染予防・制御（IPC）対応の指針を得るために広く用いられている。

目的

2020年 1月 1日から 2022年 6月 30日までに公表された、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の院内伝播を明らかにするための WGS 実施を報告した、入手可能な文献を系統的に評価した。

方法

PubMed、Embase、Ovid MEDLINE、EBSCO MEDLINE および Cochrane Library のデータベースを検索し、急性期医療環境における SARS-CoV-2 伝播を調査するための WGS の使用について英語で報告した研究を特定した。文献には 2021 年 12 月 31 日までに収集されたデータが含まれ、結果は PRISMA（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses）声明に従って報告された。

結果

全体で、重複のない 3,088 件の記録が検索された。97 件が組み入れ基準を満たし、うち 62件がアウトブレイク解析、35 件がゲノム調査研究であった。低所得国から公表された文献は特定されなかった。97 件中 87 件（90％）において、WGS により院内伝播の仮説が支持された一方、97件中 46 件（47％）では疑われた伝播事象が除外された。97 件中 18 件（18％）では、IPC 介入が WGS の使用によるものとみなされた。しかし、所要時間が 7 日以内でほぼリアルタイムの IPC 行動が促されたことを報告した研究は 3 件（3％）のみであり、WGS に起因する院内 COVID-19 発症率への影響を報告した研究はなかった。

結論

WGS により、急性期医療環境における SARS-CoV-2 の伝播が明らかになり、疫学的調査が促進される可能性がある。しかし、院内の SARS-CoV-2 感染率を低下させる、または活発なアウトブレイクの経過を変化させる介入としてシークエンシングを支持するエビデンスは発見されなかった。

サマリー原文（英語）はこちら

監訳者コメント：

よりリアルタイムに近い形でゲノムシークエンシングの解析ができると、新しい知見が得られるかもしれない。

Clostridioides difficile colonization and infection in a cohort of Australian adults with cystic fibrosis

A.S. Tai*, P. Putsathit, L. Eng, K. Imwattana, D.A. Collins, S. Mulrennan, T.V. Riley
*Sir Charles Gairdner Hospital, Queen Elizabeth II Medical Centre, Australia

Journal of Hospital Infection (2021) 113, 44-51

Resolving a neonatal intensive care unit outbreak of meticillin-resistant Staphylococcus aureus to the single-nucleotide variant level using Oxford Nanopore simplex reads and HERRO error correction

M. Bloomfield*, S. Bakker, M. Burton, M.L. Castro, K. Dyet, A. Eustace, S. Hutton, D. Macartney-Coxson, W. Taylor, R.T. White
*Wellington Regional Hospital, New Zealand

Journal of Hospital Infection (2025) 163, 72-77

Long-term contamination of sink drains by carbapenemase-producing Enterobacterales in three intensive care units: characteristics and transmission to patients

C. Lemarié*, C. Legeay, R. Mahieu, F. Moal, C. Ramont, A. Kouatchet, M. Eveillard

*Centre Hospitalier Universitaire, France

Journal of Hospital Infection (2021) 112, 16-20

Ventilator-associated pneumonia due to meticillin-resistant Staphylococcus aureus: risk factors and outcome in a large general hospital

Biofilms and antimicrobial resistance in healthcare: evaluating chlorine dioxide as a candidate to protect patient safety

P. Norville*, S. Dangleben, S. Hardy
*Norvate Limited, UK

Journal of Hospital Infection (2025) 162, 121-126